Depois de ser comprado pelo Palmeiras e deixar o Bahia, o meia Zé Rafael vem tendo pouco espaço no alviverde comandado por Luiz Felipe Scolari. Desde o início da temporada 2019, ele atuou em apenas uma partida, tendo apenas 62 minutos para mostrar o seu futebol. Com a pouca utilização, se iniciou uma forte especulação sobre o futuro do jogador.
Segundo apuração do Bahia Notícias, o Bahia e o jogador conversam diariamente pela relação que criaram nas duas temporadas em que Zé Rafael esteve no Fazendão. O clube deixa claro para Zé Rafael que ele pode voltar caso deseje. No entanto, uma vinda do atleta é considerada difícil e, no momento, não há uma negociação em aberto.
Pelo Bahia, Zé Rafael atuou em 127 partidas, tendo a Copa do Nordeste de 2017 e o Campeonato Baiano de 2018 como as principais conquistas. Ele foi vendido ao clube paulista por R$ 14,5 milhões.